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A restraint molecular dynamics and simulated annealing approach for protein homology modeling utilizing mean angles

Möglich, Andreas und Weinfurtner, Daniel und Maurer, Till und Gronwald, Wolfram und Kalbitzer, Hans Robert (2005) A restraint molecular dynamics and simulated annealing approach for protein homology modeling utilizing mean angles. BMC bioinformatics 6, S. 91.

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Zusammenfassung

BACKGROUND: We have developed the program PERMOL for semi-automated homology modeling of proteins. It is based on restrained molecular dynamics using a simulated annealing protocol in torsion angle space. As main restraints defining the optimal local geometry of the structure weighted mean dihedral angles and their standard deviations are used which are calculated with an algorithm described ...

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Dokumentenart:Artikel
Datum:2005
Zusätzliche Informationen (Öffentlich):online-Ressource
Institutionen:Biologie und Vorklinische Medizin > Institut für Biophysik und physikalische Biochemie > Prof. Dr. Dr. Hans Robert Kalbitzer
Identifikationsnummer:
WertTyp
11373627PubMed-ID
10.1186/1471-2105-6-91DOI
Klassifikation:
NotationArt
AlgorithmsMESH
Bacterial Proteins/geneticsMESH
Computational Biology/methodsMESH
Computer GraphicsMESH
Computer SimulationMESH
Crystallography, X-RayMESH
Databases, ProteinMESH
Enterococcus faecalis/metabolismMESH
Escherichia coli/metabolismMESH
Histidine/chemistryMESH
HumansMESH
Hydrogen BondingMESH
Magnetic Resonance SpectroscopyMESH
Models, ChemicalMESH
Models, MolecularMESH
Models, StatisticalMESH
Models, TheoreticalMESH
Molecular ConformationMESH
PPAR gamma/geneticsMESH
Phosphoenolpyruvate Sugar Phosphotransferase System/geneticsMESH
Protein ConformationMESH
Protein FoldingMESH
Protein Structure, SecondaryMESH
Sequence Analysis, ProteinMESH
SoftwareMESH
Dewey-Dezimal-Klassifikation:500 Naturwissenschaften und Mathematik > 570 Biowissenschaften, Biologie
Status:Veröffentlicht
Begutachtet:Unbekannt / Keine Angabe
An der Universität Regensburg entstanden:Unbekannt / Keine Angabe
Eingebracht am:17 Sep 2010 06:33
Zuletzt geändert:17 Sep 2010 06:33
Dokumenten-ID:16625
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