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A restrained molecular dynamics and simulated annealing approach for protein homology modeling utilizing mean angles.

Möglich, Andreas und Weinfurtner, Daniel und Maurer, Thilo und Gronwald, Werner und Kalbitzer, Hans-Robert (2005) A restrained molecular dynamics and simulated annealing approach for protein homology modeling utilizing mean angles. BMC Bioinformatics 6 (91).

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Andere URL zum Volltext: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6/91/abstract


Zusammenfassung

Background We have developed the program PERMOL for semi-automated homology modeling of proteins. It is based on restrained molecular dynamics using a simulated annealing protocol in torsion angle space. As main restraints defining the optimal local geometry of the structure weighted mean dihedral angles and their standard deviations are used which are calculated with an algorithm described ...

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Dokumentenart:Artikel
Datum:April 2005
Institutionen:Biologie und Vorklinische Medizin > Institut für Biophysik und physikalische Biochemie > Prof. Dr. Dr. Hans Robert Kalbitzer
Projekte:Graduiertenkolleg Nichtlinearität und Nichtgleichgewicht
Identifikationsnummer:
WertTyp
10.1186/1471-2105-6-91DOI
Dewey-Dezimal-Klassifikation:500 Naturwissenschaften und Mathematik > 530 Physik
Status:Veröffentlicht
Begutachtet:Ja, diese Version wurde begutachtet
An der Universität Regensburg entstanden:Ja
Eingebracht am:20 Mrz 2007
Zuletzt geändert:13 Mrz 2014 10:00
Dokumenten-ID:1669
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