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Overbeck, Jan H. ; Vögele, Jennifer ; Nussbaumer, Felix ; Duchardt‐Ferner, Elke ; Kreutz, Christoph ; Wöhnert, Jens ; Sprangers, Remco

Multi‐Site Conformational Exchange in the Synthetic Neomycin‐Sensing Riboswitch Studied by 19 F NMR

Overbeck, Jan H. , Vögele, Jennifer, Nussbaumer, Felix, Duchardt‐Ferner, Elke, Kreutz, Christoph, Wöhnert, Jens und Sprangers, Remco (2023) Multi‐Site Conformational Exchange in the Synthetic Neomycin‐Sensing Riboswitch Studied by 19 F NMR. Angewandte Chemie International Edition.

Veröffentlichungsdatum dieses Volltextes: 03 Mai 2023 13:05
Artikel
DOI zum Zitieren dieses Dokuments: 10.5283/epub.54155


Zusammenfassung

The synthetic neomycin-sensing riboswitch interacts with its cognate ligand neomycin as well as with the related antibiotics ribostamycin and paromomycin. Binding of these aminoglycosides induces a very similar ground state structure in the RNA, however, only neomycin can efficiently repress translation initiation. The molecular origin of these differences has been traced back to differences in ...

The synthetic neomycin-sensing riboswitch interacts with its cognate ligand neomycin as well as with the related antibiotics ribostamycin and paromomycin. Binding of these aminoglycosides induces a very similar ground state structure in the RNA, however, only neomycin can efficiently repress translation initiation. The molecular origin of these differences has been traced back to differences in the dynamics of the ligand:riboswitch complexes. Here, we combine five complementary fluorine based NMR methods to accurately quantify seconds to microseconds dynamics in the three riboswitch complexes. Our data reveal complex exchange processes with up to four structurally different states. We interpret our findings in a model that shows an interplay between different chemical groups in the antibiotics and specific bases in the riboswitch. More generally, our data underscore the potential of F-19 NMR methods to characterize complex exchange processes with multiple excited states.



Beteiligte Einrichtungen


Details

DokumentenartArtikel
Titel eines Journals oder einer ZeitschriftAngewandte Chemie International Edition
Verlag:WILEY-V C H VERLAG GMBH
Ort der Veröffentlichung:WEINHEIM
Datum27 März 2023
InstitutionenBiologie und Vorklinische Medizin > Institut für Biophysik und physikalische Biochemie > Prof. Dr. Remco Sprangers
Biologie und Vorklinische Medizin > Institut für Biophysik und physikalische Biochemie > Prof. Dr. Remco Sprangers
Identifikationsnummer
WertTyp
10.1002/anie.202218064DOI
Stichwörter / KeywordsRELAXATION DISPERSION; CHEMICAL-EXCHANGE; PROTEIN STATES; EXCITED-STATES; NUCLEIC-ACIDS; INTERMEDIATE; SPECTROSCOPY; DOMAIN; DYNAMICS; PATHWAY; Aminoglycosides; F-19 NMR; NMR Spectroscopy; RNA Dynamics
Dewey-Dezimal-Klassifikation500 Naturwissenschaften und Mathematik > 540 Chemie
500 Naturwissenschaften und Mathematik > 570 Biowissenschaften, Biologie
StatusVeröffentlicht
BegutachtetJa, diese Version wurde begutachtet
An der Universität Regensburg entstandenZum Teil
URN der UB Regensburgurn:nbn:de:bvb:355-epub-541554
Dokumenten-ID54155

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