Die zentrale Hypothese des Projekts sieht in der Pathophysiologie der Transplantat-gegen-Wirt-Krankheit (GvHD) nach allogener Stammzelltransplantation eine Verschiebung und Abnahme immunregulatorischer T-Zellen durch eine intestinale Dysbiose. Darauf aufbauend sollen Konzepte zur Modulation der Dysbiose und des T-Zell-Repertoires über die wechselseitige Interaktion entwickelt werden. Im Einzelnen werden dazu Signaturen des Mikrobioms im Stuhl und im Gewebe, Immunzellen in der Mukosa, das T-Zell-Rezeptor Repertoire und Zielantigene klonal expandierender T-Zellen analysiert und mit dem klinischen Verlauf verknüpft. Diese Analysen erfolgen an longitudinal gesammelten Darmbiopsien von Patienten mit und ohne GvHD, mit und ohne antibiotischer Therapie (ABX), sowie von Patienten vor und nach Fäkaltransplantation (FMT).