Das Z1-Projekt soll massenspektrometrische Methoden zur strukturellen und funktionellen Charakterisierung von Proteinen und Proteinkomplexen zur Verfügung stellen. Dazu ist es erforderlich, die vorhandene Ausstattung in Bezug auf Hardware und Software auf dem aktuellen Stand zu halten. Vor allem sollen aber zusätzlich zu den bereits etablierten Methoden, wie die quantitative Massenspektrometrie mit dem iTRAQ-Verfahren, andere für die geplante Forschergruppe relevante Methoden etabliert oder optimiert werden. Dies betrifft insbesondere die Analyse von phosphorylierten Peptiden, von Histonmodifikationen und von Crosslinks.