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Statistical evaluation and biological interpretation of non-random abundance in the E. coli K-12 genome of tetra- and pentanucleotide sequences related to VSP DNA mismatch repair

URN zum Zitieren dieses Dokuments:
urn:nbn:de:bvb:355-epub-109267
DOI zum Zitieren dieses Dokuments:
10.5283/epub.10926
Merkl, Rainer ; Kröger, Manfred ; Rice, Peter ; Fritz, Hans Joachim
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Veröffentlichungsdatum dieses Volltextes: 16 Nov 2009 15:26


Zusammenfassung

The abundance of all tetra- and pentanucleotide sequences is calculated for a set of DNA sequence data comprising 767,393 nucleotides of the E. coli K-12 genome. Observed frequencies are compared to those expected from a Markov chain prediction algorithm. Systematic and extreme non-random representations are found for special sets of sequences. These are interpreted as arising from incorporation ...

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