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Statistical evaluation and biological interpretation of non-random abundance in the E. coli K-12 genome of tetra- and pentanucleotide sequences related to VSP DNA mismatch repair

URN zum Zitieren dieses Dokuments: urn:nbn:de:bvb:355-epub-109267

Merkl, Rainer, Kröger, Manfred, Rice, Peter und Fritz, Hans Joachim (1992) Statistical evaluation and biological interpretation of non-random abundance in the E. coli K-12 genome of tetra- and pentanucleotide sequences related to VSP DNA mismatch repair. Nucleic Acids Research 20 (7), S. 1657-1662.

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Andere URL zum Volltext: http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/20/7/1657, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC312252/?tool=pubmed


Zusammenfassung

The abundance of all tetra- and pentanucleotide sequences is calculated for a set of DNA sequence data comprising 767,393 nucleotides of the E. coli K-12 genome. Observed frequencies are compared to those expected from a Markov chain prediction algorithm. Systematic and extreme non-random representations are found for special sets of sequences. These are interpreted as arising from incorporation ...

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Dokumentenart:Artikel
Datum:1992
Institutionen:Biologie und Vorklinische Medizin > Institut für Biophysik und physikalische Biochemie > Prof. Dr. Rainer Merkl
Identifikationsnummer:
WertTyp
1579456PubMed-ID
Klassifikation:
NotationArt
AlgorithmsMESH
Bacillus subtilis/geneticsMESH
Base CompositionMESH
DNA Repair/genetics*MESH
DNA Replication/geneticsMESH
DNA, Bacterial/chemistryMESH
DNA, Bacterial/genetics*MESH
Escherichia coli/genetics*MESH
Genome, BacterialMESH
Markov ChainsMESH
Mutation/geneticsMESH
Repetitive Sequences, Nucleic Acid/genetics*MESH
Site-Specific DNA Methyltransferase (Cytosine-Specific)/geneticsMESH
Stichwörter / Keywords:Algorithms Bacillus subtilis/genetics Base Composition DNA Repair/*genetics DNA Replication/genetics DNA, Bacterial/chemistry/*genetics Escherichia coli/*genetics Genome, Bacterial Markov Chains Mutation/genetics Repetitive Sequences, Nucleic Acid/*genetics Site-Specific DNA Methyltransferase (Cytosine-Specific)/genetics Support, Non-U.S. Gov't
Dewey-Dezimal-Klassifikation:500 Naturwissenschaften und Mathematik > 570 Biowissenschaften, Biologie
Status:Veröffentlicht
Begutachtet:Ja, diese Version wurde begutachtet
An der Universität Regensburg entstanden:Nein
Eingebracht am:16 Nov 2009 15:26
Zuletzt geändert:03 Jun 2018 23:22
Dokumenten-ID:10926
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