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Minderjahn, Julia ; Schmidt, Andreas ; Fuchs, Andreas ; Schill, Rudolf ; Raithel, Johanna ; Babina, Magda ; Schmidl, C. ; Gebhard, Claudia ; Schmidhofer, Sandra ; Mendes, Karina ; Ratermann, Anna ; Glatz, Dagmar ; Nützel, Margit ; Edinger, Matthias ; Hoffmann, Petra ; Spang, Rainer ; Längst, Gernot ; Imhof, A. ; Rehli, Michael

Mechanisms governing the pioneering and redistribution capabilities of the non-classical pioneer PU.1

Artikel

Minderjahn, Julia, Schmidt, Andreas, Fuchs, Andreas , Schill, Rudolf, Raithel, Johanna, Babina, Magda , Schmidl, C. , Gebhard, Claudia, Schmidhofer, Sandra, Mendes, Karina , Ratermann, Anna, Glatz, Dagmar, Nützel, Margit, Edinger, Matthias, Hoffmann, Petra, Spang, Rainer , Längst, Gernot, Imhof, A. und Rehli, Michael (2020) Mechanisms governing the pioneering and redistribution capabilities of the non-classical pioneer PU.1. Nat Commun 11, S. 402.

DOI zum Zitieren dieses Dokuments: 10.5283/epub.43221


Zusammenfassung

Establishing gene regulatory networks during differentiation or reprogramming requires master or pioneer transcription factors (TFs) such as PU.1, a prototype master TF of hematopoietic lineage differentiation. To systematically determine molecular features that control its activity, here we analyze DNA-binding in vitro and genome-wide in vivo across different cell types with native or ectopic ...

Establishing gene regulatory networks during differentiation or reprogramming requires master or pioneer transcription factors (TFs) such as PU.1, a prototype master TF of hematopoietic lineage differentiation. To systematically determine molecular features that control its activity, here we analyze DNA-binding in vitro and genome-wide in vivo across different cell types with native or ectopic PU.1 expression. Although PU.1, in contrast to classical pioneer factors, is unable to access nucleosomal target sites in vitro, ectopic induction of PU.1 leads to the extensive remodeling of chromatin and redistribution of partner TFs. De novo chromatin access, stable binding, and redistribution of partner TFs both require PU.1's N-terminal acidic activation domain and its ability to recruit SWI/SNF remodeling complexes, suggesting that the latter may collect and distribute co-associated TFs in conjunction with the non-classical pioneer TF PU.1.



Beteiligte Einrichtungen


Details

DokumentenartArtikel
Titel eines Journals oder einer ZeitschriftNat Commun
VerlagNature
Open Access ArtSHERPA/RoMEO
Ort der VeröffentlichungLONDON
Band11
SeitenbereichS. 402
Datum21 Januar 2020
Veröffentlichungsdatum18 Mai 2020 14:31
InstitutionenMedizin > Lehrstuhl für Innere Medizin III (Hämatologie und Internistische Onkologie)
Leibniz-Institut für Immuntherapie (LIT)
Medizin > Institut für Funktionelle Genomik > Lehrstuhl für Statistische Bioinformatik (Prof. Spang)
Informatik und Data Science > Fachbereich Bioinformatik > Lehrstuhl für Statistische Bioinformatik (Prof. Spang)

Biologie und Vorklinische Medizin > Institut für Biochemie, Genetik und Mikrobiologie > Lehrstuhl für Biochemie III > Prof. Dr. Gernot Längst
Identifikationsnummer
WertTyp
31964861PubMed-ID
10.1038/s41467-019-13960-2DOI
Stichwörter / KeywordsTRANSCRIPTION FACTORS; SWI/SNF COMPLEX; GENE-EXPRESSION; REGULATORY ELEMENTS; ACTIVATION DOMAIN; MACROPHAGE; DIFFERENTIATION; REPRESSES; ENHANCERS; SELECTION;
Dewey-Dezimal-Klassifikation600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften > 610 Medizin
StatusVeröffentlicht
BegutachtetJa, diese Version wurde begutachtet
An der Universität Regensburg entstandenZum Teil
URN der UB Regensburgurn:nbn:de:bvb:355-epub-432217
Dokumenten-ID43221

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