| License: Creative Commons Attribution 4.0 (4MB) |
- URN to cite this document:
- urn:nbn:de:bvb:355-epub-512646
- DOI to cite this document:
- 10.5283/epub.51264
| Item type: | Thesis of the University of Regensburg (PhD) |
|---|---|
| Open Access Type: | Primary Publication |
| Date: | 21 December 2021 |
| Referee: | Prof. Dr. Bernhard H.F. Weber |
| Date of exam: | 20 December 2021 |
| Institutions: | Medicine > Lehrstuhl für Humangenetik |
| Keywords: | Altersabhängige Makuladegeneration; genetische Assoziationen; microRNA |
| Dewey Decimal Classification: | 500 Science > 570 Life sciences 600 Technology > 610 Medical sciences Medicine |
| Status: | Published |
| Refereed: | Yes, this version has been refereed |
| Created at the University of Regensburg: | Yes |
| Item ID: | 51264 |
Abstract (English)
Age-related macular degeneration (AMD) is a complex disease which is characterized by the contribution of a variety of environmental and genetic factors to disease development and progression. In order to elucidate the genetic background of AMD, a broad range of association studies have been conducted, targeting different aspects of disease pathobiology. Those studies revealed associations of ...
Abstract (English)
Age-related macular degeneration (AMD) is a complex disease which is characterized by the contribution of a variety of environmental and genetic factors to disease development and progression. In order to elucidate the genetic background of AMD, a broad range of association studies have been conducted, targeting different aspects of disease pathobiology. Those studies revealed associations of genetic variants, epigenetic regulators like microRNAs (miRNA) and also of specific genes with AMD. However, for most of these findings the molecular mechanism of action underlying the association still remains unsolved. Therefore, the present work aimed to investigate how the findings of genetic association studies can lead to the deciphering of molecular mechanisms in order to understand the pathology of AMD and possibly reveal target molecules with regard to precision medicine.
In the first subproject, associations of epigenetic regulators, specifically miRNAs, with AMD were investigated. In a mouse model of laser-induced choroidal neovascularization (NV), one of the subtypes of AMD with severe manifestations, three circulating miRNAs with an altered expression in blood were identified after NV induction, namely mmu-miR-486a-5p, mmu-miR-92a-3p and mmu-miR-155-5p. In addition, expression alterations of two of those miRNAs, mmu-miR-486a-5p and mmu-miR-92a-3p, were investigated in ocular tissue of laser-treated mice. Both miRNAs revealed an overexpression in retinal pigment epithelium (RPE)/choroid complex, while none of them was differentially expressed in the neural retina after NV induction.
In the second project of this work, genes associated with AMD were investigated regarding potential pleiotropy. In total, 106 genes found by a recent transcriptome-wide association study (TWAS) were analyzed. The analysis revealed that 50 of the investigated genes are located in genomic regions that have already been associated with different human phenotypes by genome-wide association studies (GWAS). Overall, AMD-associated genes were found to be enriched in GWAS loci of neurological diseases, metabolic phenotypes, autoimmune diseases, and phenotypes describing organ functions, in addition to AMD disease itself. Moreover, 23 genes overlapped with GWAS loci of different phenotype groups, thus most likely representing pleiotropic genes. Interestingly, four of those 23 genes did not overlap with a known AMD-associated locus. A locus harboring one of those genes, namely ULK3 at 15q24.1, was further characterized in detail throughout this work.
The association of 15q24.1 with AMD was examined using the representative polymorphism rs2168518. Interestingly, the association was mainly observed for the neovascular subtype of AMD and further showed a gender-specific effect. A pleiotropy analysis using UK Biobank data highlighted associations with 15 phenotypes, most of them related to blood pressure. The fact that blood pressure associations of the 15q24.1 locus correspond to the same genetic signal as the AMD association further highlights the importance of the 15q24.1 locus for the neovascular subtype of AMD. Additionally, alterations in gender-specific transcription factor binding sites might contribute to the male specific association with AMD. Noteworthy, the representative variant rs2168518 of the 15q24.1 locus is located in the seed region of a miRNA, hsa-miR-4513, and might therefore contribute to post-transcriptional expression regulation mediated through this miRNA.
The impact of hsa-miR-4513 and its seed variant rs2168518 on gene expression regulation was investigated in another project of this work. Overall, 23 target genes of this miRNA were detected and independently validated to be specifically regulated by an allele of the rs2168518 polymorphism in hsa-miR-4513. Moreover, six target genes were exemplary followed up in detail by Western Blot analysis and luciferase reporter assay, whereby three of those genes, namely CD2BP2, CDKN2A and KLF6, consistently revealed allele-specific effects. Finally, publicly available databases were incorporated to investigate medical relevance of hsa-miR-4513 target genes. This in silico analysis highlighted CDKN2A as a promising candidate potentially contributing to AMD pathology.
In summary, the results of this work showed that examining genetic associations from different perspectives focusing on different molecular mechanisms, such as pleiotropy or gene expression, can reveal different important aspects of disease pathobiology that may underlie a genetic association. In some circumstances, this can also lead to the identification of several different disease-relevant genes, which, however, can only be identified by a specific research question. Therefore, it is crucial to comprehensively investigate single genetic association signals with a combination of complementary in silico and in vitro analyses to link association data with functional mechanisms. Only by understanding the pathobiology underlying the genetic associations, the development of new therapeutic options for the pathology of AMD will be possible in the future.
Translation of the abstract (German)
Die Krankheitsentstehung wie auch die Progression der altersabhängigen Makuladegeneration (AMD) wird durch eine Vielzahl an genetischen sowie umweltbedingten Faktoren beeinflusst, was die AMD als eine sogenannte komplexe Erkrankung klassifiziert. Um den Beitrag der Genetik zu untersuchen wurden mehrere genetische Assoziationsstudien durchgeführt, die verschiedene Aspekte der Pathobiologie ...
Translation of the abstract (German)
Die Krankheitsentstehung wie auch die Progression der altersabhängigen Makuladegeneration (AMD) wird durch eine Vielzahl an genetischen sowie umweltbedingten Faktoren beeinflusst, was die AMD als eine sogenannte komplexe Erkrankung klassifiziert. Um den Beitrag der Genetik zu untersuchen wurden mehrere genetische Assoziationsstudien durchgeführt, die verschiedene Aspekte der Pathobiologie untersucht haben. Unter anderem wurden Assoziationen von genetischen Varianten, epigenetischen Regulatoren wie micro-RNAs (miRNA) und spezifischen Genen mit der AMD beschrieben. Die molekularen Mechanismen, die diesen Assoziationen zu Grunde liegen, sind bisher allerdings kaum bekannt. Aus diesem Grund befasst sich die vorliegende Arbeit mit der Fragestellung wie die Erkenntnisse von genetischen Assoziationsstudien zur Entschlüsselung von molekularen Mechanismen führen können, um die Pathologie der AMD zu verstehen und eventuell Zielmoleküle im Sinne einer Präzisionsmedizin offen zu legen.
Im ersten Teilprojekt wurden Assoziationen von epigenetischen Regulatoren mit der AMD untersucht, im Speziellen miRNAs. In einem Mausmodell mit Laser-induzierter choroidaler Neovaskularisation (NV), einem Subtyp der AMD mit schwerwiegenden Manifestationen, wurden drei zirkulierende miRNAs identifiziert (mmu-miR-486a-5p, mmu-miR-92a-3p und mmu-miR-155-5p), die nach der Induktion der NV eine veränderte Expression im Blut der behandelten Tiere aufwiesen. Zusätzlich wurde die Expression von zwei dieser miRNAs, mmu-miR-486a-5p und mmu-miR-92a-3p, im Augengewebe von gelaserten Mäusen untersucht. Beide miRNAs zeigten nach der Induktion der NV eine erhöhte Expression im retinalen Pigmentepithel (RPE)/Aderhaut Komplex, wohingegen keine der beiden miRNAs eine Expressionsveränderung in der Netzhaut aufwies.
Im zweiten Projekt dieser Arbeit wurden Gene, welche mit der AMD assoziiert sind, auf pleiotrope Effekte hin untersucht. Es wurden insgesamt 106 Gene analysiert, die durch eine aktuelle, das gesamte Transkriptom umfassende, Assoziationsstudie (TWAS) gefunden wurden. Bei der Analyse zeigte sich, dass 50 der untersuchten Gene in genomischen Bereichen liegen, die durch Genom-weite Assoziationsstudien (GWAS) bereits mit unterschiedlichen Phänotypen des Menschen assoziiert wurden. Insgesamt zeigte sich neben der AMD-Erkrankung selbst eine Anreicherung von AMD-assoziierten Genen in GWAS Genorten von neurologischen Erkrankungen, metabolischen Phänotypen, Autoimmunerkrankungen und Phänotypen die Organfunktionen beschreiben. Dabei lagen 23 Gene in GWAS Genorten, die eine Assoziation mit mehreren Phänotypen aufweisen, wodurch diese Gene als potenziell pleiotrop eingeordnet werden können. Interessanterweise lagen vier der 23 pleiotropen Gene in Genorten, die bisher nicht mit der AMD in Verbindung gebracht wurden. Einer dieser vier Genorte wurde im Verlauf dieser Arbeit ausführlich beschrieben, und zwar 15q24.1, welcher das ULK3 Gen beinhaltet.
Die Assoziation des 15q24.1 Genortes mit der AMD wurde anhand des repräsentativen Polymorphismus rs2168518 untersucht. Interessanterweise war die Assoziation vor allem für den neovaskulären Subtyp der AMD zu beobachten und zeigte des Weiteren einen geschlechtsspezifischen Effekt. Eine Pleiotropie-Analyse anhand der Daten des UK Biobank Projektes zeigte eine Assoziation von 15q24.1 mit 15 Phänotypen, wobei die meisten dieser Phänotypen mit der Regulation des Blutdruckes in Verbindung stehen. Die Tatsache, dass Blutdruck-Assoziationen des 15q24.1 Genortes auf dasselbe genetische Signal wie die AMD-Assoziation zurückzuführen ist, verdeutlicht noch einmal die Bedeutung des 15q24.1 Genortes für den neovaskulären Subtyp der AMD. Die spezifische Assoziation von 15q24.1 mit AMD in Männern könnte womöglich auf Veränderungen in Bindestellen für geschlechtsspezifische Transkriptionsfaktoren beruhen. Des Weiteren liegt der rs2168518 Polymorphismus in der Binderegion eines wichtigen post-transkriptionellen Regulators, der miRNA hsa-miR-4513, wodurch er möglicherweise einen Einfluss auf die durch die miRNA ausgeführte Expressionsregulation ausübt.
Daher wurde in einem weiteren Projekt dieser Arbeit der Einfluss des rs2168518 Polymorphismus auf die regulatorischen Eigenschaften von hsa-miR-4513 untersucht. Insgesamt wurden 23 Gene identifiziert und unabhängig validiert, die spezifisch durch ein Allel des rs2168518 Polymorphismus in hsa-miR-4513 reguliert werden. Des Weiteren wurden sechs Gene exemplarisch im Detail mittels Western Blot Analyse und Luciferase Reporter Assays untersucht. Drei der untersuchten Gene, CD2BP2, CDKN2A und KLF6, zeigten dabei durchgängig Allel-spezifische Effekte. Abschließend wurden öffentlich zugängliche Datenbanken einbezogen, um eine medizinische Relevanz der von hsa-miR-4513 regulierten Gene zu untersuchen. Diese in silico Analyse zeigte, dass CDKN2A ein vielversprechender Kandidat ist, der möglicherweise zur Pathologie der AMD beiträgt.
Zusammenfassend zeigten die Ergebnisse dieser Arbeit, dass eine Betrachtung von genetischen Assoziationen aus unterschiedlichen Blinkwinkeln mit Fokus auf verschiedene molekulare Mechanismen, wie zum Beispiel Pleiotropie oder Genexpression, unterschiedliche wichtige Aspekte der Krankheitspathobiologie, die einer genetischen Assoziation zu Grunde liegen können, aufdecken können. Dies kann unter Umständen auch zu der Identifikation von mehreren verschiedenen krankheitsrelevanten Genen führen, die aber nur durch eine spezifische Fragestellung identifiziert werden können. So wird außerdem verdeutlicht, wie wichtig umfassende und sich ergänzende in silico und in vitro Analysen sind, um funktionelle Mechanismen hinter den Assoziationssignalen aufzudecken. Nur wenn die Pathobiologie, die genetischen Assoziationen zugrunde liegt, verstanden wird, können zukünftig neue Therapieansätze für die AMD entwickelt werden.
Metadata last modified: 21 Dec 2021 14:56
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