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¹⁹F NMR Untersuchung des Konformationsaustauschs mehrerer Zustände im synthetischen Neomycin‐bindenden Riboschalter
Overbeck, Jan H.
, Vögele, Jennifer, Nussbaumer, Felix, Duchardt‐Ferner, Elke, Kreutz, Christoph, Wöhnert, Jens and Sprangers, Remco
(2023)
¹⁹F NMR Untersuchung des Konformationsaustauschs mehrerer Zustände im synthetischen Neomycin‐bindenden Riboschalter.
Angewandte Chemie 135 (23).
Date of publication of this fulltext: 18 Jun 2024 09:42
Article
DOI to cite this document: 10.5283/epub.58451
Abstract
Der synthetische Neomycin-bindende Riboschalter interagiert mit seinem Liganden Neomycin sowie mit den verwandten Antibiotika Ribostamycin und Paromomycin. Die Bindung dieser Aminoglykoside induziert sehr ähnliche Grundzustandsstrukturen in der RNA, allerdings kann nur Neomycin die Initiierung der Translation effizient unterdrücken. Der molekulare Ursprung dieser Unterschiede wurde auf ...
Der synthetische Neomycin-bindende Riboschalter interagiert mit seinem Liganden Neomycin sowie mit den verwandten Antibiotika Ribostamycin und Paromomycin. Die Bindung dieser Aminoglykoside induziert sehr ähnliche Grundzustandsstrukturen in der RNA, allerdings kann nur Neomycin die Initiierung der Translation effizient unterdrücken. Der molekulare Ursprung dieser Unterschiede wurde auf Unterschiede in der Dynamik der Ligand-Riboschalter-Komplexe zurückgeführt. In diesem Artikel kombinieren wir fünf komplementäre fluorbasierte NMR-Methoden, um die Dynamik der drei Riboschalter-Komplexe im Sekunden- bis Mikrosekundenbereich genau zu quantifizieren. Unsere Daten offenbaren komplexe Austauschprozesse mit bis zu vier strukturell unterschiedlichen Zuständen. Wir interpretieren unsere Ergebnisse in einem Modell, das ein Zusammenspiel zwischen verschiedenen chemischen Gruppen in den Antibiotika und spezifischen Basen im Riboschalter zeigt. Allgemeiner unterstreichen unsere Daten das Potenzial von 19F NMR-Methoden, komplexe Austauschprozesse mit mehreren angeregten Zuständen zu charakterisieren.
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Involved Institutions
Details
| Item type | Article | ||||
| Journal or Publication Title | Angewandte Chemie | ||||
| Publisher: | Wiley | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| Volume: | 135 | ||||
| Number of Issue or Book Chapter: | 23 | ||||
| Date | 27 March 2023 | ||||
| Institutions | Biology, Preclinical Medicine > Institut für Biophysik und physikalische Biochemie > Prof. Dr. Remco Sprangers | ||||
| Identification Number |
| ||||
| Keywords | Aminoglykoside · ¹⁹F NMR · NMR-Spektroskopie · RNA-Dynamik | ||||
| Dewey Decimal Classification | 500 Science > 500 Natural sciences & mathematics 500 Science > 540 Chemistry & allied sciences 500 Science > 570 Life sciences | ||||
| Status | Published | ||||
| Refereed | Yes, this version has been refereed | ||||
| Created at the University of Regensburg | Partially | ||||
| URN of the UB Regensburg | urn:nbn:de:bvb:355-epub-584519 | ||||
| Item ID | 58451 |
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