Regulation der Acessibilität von Chromatin höherer Ordnung durch RNP-Komplexe (B02)

Chromatin ist stabil mit RNA assoziiert die die Packungsdichte der übergeordneten Chromatinstrukturen bestimmen kann. Wir charakterisieren die RNP Komplexe und die Mechanismen die zu einer regulierten Öffnung des Chromatins führen. Wir werden ChIP-Seq und RNA-IP Experimente mit DF31 und HMGN5 durchführen, die die übergeordnete Chromatinstruktur öffnen. Die Genomweiten Studien dienen dazu Chromatin-Rekrutierungssignale zu identifizieren, die in in vitro Experimenten charakterisiert werden. Der Mechanismus der Chromatinöffnung wird in einem in vivo targeting System mit GFP-HMGN5 und Mutationen des Proteins untersucht. Um genomweit die RNA abhängige Öffnung des Chromatins zu untersuchen haben wir die Methode der differentiellen MNase Behandlung und die Bioinformatik etabliert. Wir werden die Bioinformatik Pipeline für die großen Datensätze weiterentwickeln und diese auf unsere Modellproteine anwenden.