Der Übergang von Initiation zur Elongation der archaeellen Transkription soll mit Hilfe eines zell-freien Transkriptionssystems von Pyrococcus untersucht werden. Dazu werden Transkriptionskomplexe mit naszierender RNA in verschiedenen Registern der Transkription pausiert und die Translokation der Transkriptionsblase sowie die Protein-DNA-Wechselwirkungen mit verschiedenen footprinting Methoden untersucht. Das Schicksal der Transkriptionsfaktoren nach der Initiation wird durch Matrizenkompetitionsexperimente und immunologische Detektion der Faktoren in isolierten Transkriptionskomplexen analysiert. Die RNA Polymerase Untereinheiten, die mit den Transkriptionsfaktoren TFB (und TBP) interagieren, sowie die Interaktionsdomäne der faktorbindenden Untereinheiten wird durch die far-WesternTechnik und das yeast-two-hybrid-system identifiziert.
