Etablierung einer Methode zur Gewinnung von RNA aus Bürstenbiopsien der Mundschleimhaut

Item type:	Thesis of the University of Regensburg (PhD)
Open Access Type:	Primary Publication
Date:	16 October 2013
Referee:	Prof. Dr. Dr. Torsten E. Reichert
Date of exam:	4 October 2013
Institutions:	Medicine > Lehrstuhl für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie
Keywords:	RNA, brush biopsy, oral cancer
Dewey Decimal Classification:	600 Technology > 610 Medical sciences Medicine
Status:	Published
Refereed:	Yes, this version has been refereed
Created at the University of Regensburg:	Yes
Item ID:	28896

Abstract (German)

Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es, eine Methode zu etablieren, die es ermöglicht aus Bürstenbiopsien der oralen Mukosa zuverlässig und reproduzierbar RNA-Isolate zu gewinnen, die sowohl in quantitativer als auch in qualitativer Hinsicht für eine weitergehende Analyse z.B. mittels qPCR geeignet sind. Zu diesem Zweck wurde aus über 250 gewonnenen Zellproben zunächst RNA isoliert, die dann im ...

Abstract (German)

Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es, eine Methode zu etablieren, die es ermöglicht aus Bürstenbiopsien der oralen Mukosa zuverlässig und reproduzierbar RNA-Isolate zu gewinnen, die sowohl in quantitativer als auch in qualitativer Hinsicht für eine weitergehende Analyse z.B. mittels qPCR geeignet sind. Zu diesem Zweck wurde aus über 250 gewonnenen Zellproben zunächst RNA isoliert, die dann im ersten Schritt photometrisch vermessen wurde. Im Anschluss wurde die vorliegende RNA entweder direkt auf ein Agarosegel aufgetragen oder mittels RT-PCR in cDNA umgeschrieben, welche dann als Substrat für eine ß-Aktin-PCR diente, deren Produkt ebenfalls auf ein Agarosegel aufgetragen wurde. Nach abgeschlossener Elektrophorese wurden die Gele abfotografiert und ausgewertet.
Zusammenfassend lässt sich feststellen, dass das Kriterium der Reproduzierbarkeit mit der letztendlich auch im Praxistest eingesetzten Methode (Isolation der RNA mit RNeasy Micro Kit von Qiagen) erfüllt werden konnte. Die Qualität der gewonnenen RNA konnte im Laufe der verschiedenen Versuchsreihen durch den Einsatz einer modifizierten Isolationsmethode (vgl. Abschnitt 5.2 und 7.2) zwar gesteigert werden, ob diese jedoch ausreicht um ein aussagekräftiges Ergebnis einer anschließenden qPCR zu gewährleisten, muss Gegenstand weiterer Untersuchungen sein.

Translation of the abstract (English)

The present study aimed to establish a method which allows to reliably and reproducibly isolate RNA from brush biopsies of the oral mucosa and evaluate the quantity and the quality of the isolate. To achieve this, RNA was isolated from more than 250 specimen and measured photometrically. After that the RNA was put directly on an agarose gel or transformed into cDNA via RT-PCR, which served as ...

Translation of the abstract (English)

The present study aimed to establish a method which allows to reliably and reproducibly isolate RNA from brush biopsies of the oral mucosa and evaluate the quantity and the quality of the isolate. To achieve this, RNA was isolated from more than 250 specimen and measured photometrically. After that the RNA was put directly on an agarose gel or transformed into cDNA via RT-PCR, which served as substrate for a Beta-Aktin-PCR. After electrophoresis the agarose gels were photographed and evaluated. In summary it can be stated that the method which was eventually used in the field trial (RNeasy MicroKit by Qiagen) could meet the criterion of reproducibility. The quality of the isolate could also be improved by using a modified isolation method. To finally assess whether the extracted RNA isolates can be used for further analysis, more research will have to be done.

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