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OrderedList - a bioconductor package for detecting similarity in ordered gene lists

Lottaz, Claudio, Yang, Xinan, Scheid, Stefanie und Spang, Rainer (2006) OrderedList - a bioconductor package for detecting similarity in ordered gene lists. Bioinformatics 22 (18), S. 2315-2316.

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Zusammenfassung

OrderedList is a Bioconductor compliant package for meta-analysis based on ordered gene lists like those resulting from differential gene expression analysis. Our package quantifies the similarity between gene lists. The significance of the similarity score is estimated from random scores computed on perturbed data. OrderedList illustrates list similarity in intuitive plots and determines the score-driving genes for further analysis.


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Dokumentenart:Artikel
Datum:26 Juni 2006
Institutionen:Medizin > Institut für Funktionelle Genomik > Lehrstuhl für Statistische Bioinformatik (Prof. Spang)
Identifikationsnummer:
WertTyp
10.1093/bioinformatics/btl385DOI
16844712PubMed-ID
Stichwörter / Keywords:"Algorithms", "Artificial Intelligence", "Computer Simulation", "Gene Expression Profiling", "Models, Biological", "Multigene Family", "Oligonucleotide Array Sequence Analysis", "Pattern Recognition, Automated", "Software"
Dewey-Dezimal-Klassifikation:000 Informatik, Informationswissenschaft, allgemeine Werke > 004 Informatik
600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften > 610 Medizin
Status:Veröffentlicht
Begutachtet:Ja, diese Version wurde begutachtet
An der Universität Regensburg entstanden:Ja
Dokumenten-ID:32952
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