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Wavelengths, radiation damage and anomalous dispersion - ways to optimise small molecule X-ray crystallography
Hochschulschrift der Universität Regensburg
Meurer, Florian
(2026)
Wavelengths, radiation damage and anomalous dispersion - ways to optimise small molecule X-ray crystallography.
Dissertation, Universität Regensburg.
DOI zum Zitieren dieses Dokuments: 10.5283/epub.80728
Zusammenfassung (Englisch)
Single-crystal X-ray diffraction is a central method for determining the structures of small molecules. Its reliability, however, depends not only on the measured data, but also on the physical scattering model, experimental corrections, and chemical validation. This dissertation investigates how limitations in the agreement between diffraction data and structural models can be identified, ...
Single-crystal X-ray diffraction is a central method for determining the structures of small molecules. Its reliability, however, depends not only on the measured data, but also on the physical scattering model, experimental corrections, and chemical validation. This dissertation investigates how limitations in the agreement between diffraction data and structural models can be identified, quantified, and reduced, and which chemical questions can be addressed by experimentally informed electron densities and wavefunctions beyond the independent atom model. It combines statistical database analysis and automated serial refinements with multi-wavelength and resonant diffraction experiments, X-ray absorption spectroscopy, quantum-crystallographic models, and relativistic calculations.
An analysis of about 1.4 million entries in the Cambridge Structural Database shows that, after marked early improvements, R1 has plateaued since around 1980, while wR2 has increased slightly and residual electron densities have not decreased overall. Normalisation by unit-cell volume nevertheless shows that modern methods handle increasingly complex structures without a proportional loss of quality. For light elements, bonding density omitted by the independent atom model is relatively important. For heavy elements, absolute residual densities increase because of absorption, anomalous dispersion, and other systematic effects. To enable reproducible comparisons across large data series, the Olex2 module SISYPHOS was developed. It refines one model against many data sets or several models against the same data set and exports the results in machine-readable form.
For four uranium compounds, anomalous dispersion parameters f′ and f′′ refined at the L absorption edges were validated against simultaneous X-ray absorption spectra and Kramers–Kronig transformations. The method resolved compound-specific electronic differences and improved published structures measured with laboratory Mo Kα radiation. A dose-resolved investigation of triphenylbismuth comprising 24 crystals and 330 data sets showed that X-ray exposure initially destroys long-range crystalline order while the Bi–C bonds and local bismuth environment remain largely intact. After normalisation by absorbed dose, crossing the Bi L3 edge did not introduce a distinct damage mechanism, although the damage rate remained strongly dependent on the experimental arrangement.
Quantum-crystallographic case studies demonstrate the chemical value of aspherical models. For Cp'''NiP₃, polarised, predominantly covalent Ni–P bonds support its description as a metallatetrahedrane and its isolobal relationship to P₄. WYLID exhibits local ylidic S–C and carbonyl-like C–O bonding within a strongly delocalised π system. For two trithorium clusters, Hirshfeld atom refinements based on Mo Kα and Cu Kα data reproduced key features of relativistic calculations and provided experimental access to cooperative σ bonding within the Th₃ unit. The two-electron interaction is stronger than its one-electron analogue. Overall, the dissertation demonstrates that a low global R value is not sufficient evidence for a physically correct and chemically reliable model. Robust conclusions require coordinated measurement strategies, corrections, and electron-density models, followed by validation across wavelengths and by spectroscopy, theory, and reference systems. The work provides transferable methods for reproducible small-molecule crystallography and extends its scope to experimentally informed analyses of electronic structure, chemical bonding, and radiation-induced processes.
Übersetzung der Zusammenfassung (Deutsch)
Die Einkristallröntgendiffraktion ist eine zentrale Methode zur Strukturaufklärung kleiner Moleküle. Ihre Aussagekraft hängt jedoch nicht allein von den Messdaten ab, sondern ebenso vom physikalischen Streumodell, von experimentellen Korrekturen und von der chemischen Validierung. Diese Dissertation untersucht, wie sich Grenzen in der Übereinstimmung zwischen Beugungsdaten und Strukturmodellen ...
Die Einkristallröntgendiffraktion ist eine zentrale Methode zur Strukturaufklärung kleiner Moleküle. Ihre Aussagekraft hängt jedoch nicht allein von den Messdaten ab, sondern ebenso vom physikalischen Streumodell, von experimentellen Korrekturen und von der chemischen Validierung. Diese Dissertation untersucht, wie sich Grenzen in der Übereinstimmung zwischen Beugungsdaten und Strukturmodellen erkennen, quantifizieren und verringern lassen und welche chemischen Aussagen experimentell informierte Elektronendichten und Wellenfunktionen jenseits des unabhängigen Atommodells ermöglichen. Sie verbindet statistische Datenbankanalysen und automatisierte Serienverfeinerungen mit Mehrwellenlängen- und resonanten Beugungsexperimenten, Röntgenabsorptionsspektroskopie, quantenkristallographischen Modellen und relativistischen Rechnungen.
Die Auswertung von rund 1,4 Millionen Einträgen in der Cambridge Structural Database zeigt, dass R1 nach frühen Fortschritten seit etwa 1980 stagniert, während wR2 leicht ansteigt und sich Restelektronendichten insgesamt nicht verringern. Zellvolumennormierte Kennzahlen belegen dagegen, dass moderne Verfahren zunehmend komplexe Strukturen ohne proportionale Qualitätseinbußen bewältigen. Bei leichten Elementen fällt die vom unabhängigen Atommodell nicht erfasste Bindungselektronendichte stärker ins Gewicht; bei schweren Elementen wachsen absolute Restdichten aufgrund von Absorption, anomaler Dispersion und weiteren systematischen Effekten. Für reproduzierbare Vergleiche großer Messreihen wurde das Olex2-Modul SISYPHOS entwickelt. Es verfeinert ein Modell gegen viele Datensätze oder mehrere Modelle gegen denselben Datensatz und gibt die Ergebnisse maschinenlesbar aus.
Bei vier Uranverbindungen wurden die an den L-Absorptionskanten verfeinerten anomalen Dispersionsparameter f′ und f′′ durch simultane Röntgenabsorptionsspektren und Kramers–Kronig-Transformationen validiert. Die Methode erfasst verbindungsspezifische elektronische Unterschiede und verbesserte auch publizierte Strukturen aus Mo-Kα-Labordaten. Eine dosisaufgelöste Untersuchung von Triphenylbismut mit 24 Kristallen und 330 Datensätzen zeigte, dass Röntgenstrahlung zunächst die langreichweitige kristalline Ordnung zerstört, während Bi–C-Bindungen und lokale Bi-Umgebung weitgehend erhalten bleiben. Nach Dosisnormierung ergab sich beim Überschreiten der Bi-L3-Kante kein eigener Schadensmechanismus; die Schadensrate blieb stark von der Messanordnung abhängig.
Quantenkristallographische Fallstudien zeigen den chemischen Mehrwert asphärischer Modelle. Für Cp'''NiP₃ stützen polarisierte, überwiegend kovalente Ni–P-Bindungen die Beschreibung als Metallatetrahedran und die isolobale Beziehung zu P₄. WYLID besitzt lokal ylidischen S–C- und carbonylartigen C–O-Bindungscharakter innerhalb eines stark delokalisierten π-Systems. Bei zwei Trithoriumclustern reproduzierte die Hirshfeld-Atom-Verfeinerung aus Mo-Kα- und Cu-Kα-Daten wesentliche Merkmale relativistischer Rechnungen und machte kooperative σ-Bindung im Th₃-Gerüst experimentell zugänglich; die Zwei-Elektronen-Wechselwirkung ist stärker als ihr Ein-Elektronen-Analogon. Insgesamt zeigt die Arbeit, dass ein niedriger globaler R-Wert kein hinreichender Beleg für ein physikalisch richtiges und chemisch belastbares Modell ist. Verlässliche Aussagen erfordern aufeinander abgestimmte Messstrategien, Korrekturen und Elektronendichtemodelle sowie die Validierung durch weitere Wellenlängen, Spektroskopie, Theorie und Referenzsysteme. Die Dissertation liefert damit übertragbare Methoden für reproduzierbare Kleinmolekülkristallographie und erweitert deren Einsatz zur Analyse elektronischer Struktur, chemischer Bindung und strahlungsinduzierter Prozesse.
Beteiligte Einrichtungen
Details
| Dokumentenart | Hochschulschrift der Universität Regensburg (Dissertation) |
| Open Access Art | Primärpublikation |
| Datum | 15 September 2026 |
| Veröffentlichungsdatum | 15 Sep 2026 07:59 |
| Begutachter (Erstgutachter) | Dr. Michael Bodensteiner |
| Tag der Prüfung | 4 September 2026 |
| Institutionen | Chemie und Pharmazie > Zentrale Analytik |
| Themenverbund | Nicht ausgewählt |
| Forschergruppe und Forschungszentren | Nicht ausgewählt |
| Stichwörter / Keywords | Kristallographie, Quantenkristallographie, Quanten Chemie, Strukturchemie, Anorganische Chemie, Struktruanalyse |
| Dewey-Dezimal-Klassifikation | 500 Naturwissenschaften und Mathematik > 540 Chemie |
| Status | Veröffentlicht |
| Begutachtet | Ja, diese Version wurde begutachtet |
| An der Universität Regensburg entstanden | Ja |
| URN der UB Regensburg | urn:nbn:de:bvb:355-epub-807286 |
| Dokumenten-ID | 80728 |
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