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External calibration with Drosophila whole-cell spike-ins delivers absolute mRNA fold changes from human RNA-Seq and qPCR data

Taruttis, Franziska, Feist, M., Schwarzfischer, Philipp, Gronwald, Wolfram , Kube, D., Spang, Rainer und Engelmann, Julia C. (2017) External calibration with Drosophila whole-cell spike-ins delivers absolute mRNA fold changes from human RNA-Seq and qPCR data. BioTechniques 62 (2), S. 53-61.

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Zusammenfassung

Gene expression measurements are typically performed on a fixed-weight aliquot of RNA, which assumes that the total number of transcripts per cell stays nearly constant across all conditions. In cases where this assumption does not hold (e.g., when comparing cell types with different cell sizes) the expression data provide a distorted view of cellular events. Assuming constant numbers of total ...

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Dokumentenart:Artikel
Datum:1 Februar 2017
Institutionen:Medizin > Institut für Funktionelle Genomik > Lehrstuhl für Funktionelle Genomik (Prof. Oefner)
Medizin > Institut für Funktionelle Genomik > Lehrstuhl für Statistische Bioinformatik (Prof. Spang)
Identifikationsnummer:
WertTyp
28193148PubMed-ID
10.2144/000114514DOI
Stichwörter / Keywords:RNA sequencing (RNA-Seq); calibration; external reference; qPCR, gene expression; spike-in
Dewey-Dezimal-Klassifikation:600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften > 610 Medizin
Status:Veröffentlicht
Begutachtet:Ja, diese Version wurde begutachtet
An der Universität Regensburg entstanden:Zum Teil
Dokumenten-ID:35250
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