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AGeNNT: annotation of enzyme families by means of refined neighborhood networks

URN zum Zitieren dieses Dokuments: urn:nbn:de:bvb:355-epub-366573

Kandlinger, Florian, Plach, Maximilian G. und Merkl, Rainer (2017) AGeNNT: annotation of enzyme families by means of refined neighborhood networks. BMC Bioinformatics 18 (1), S. 1-13.

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Andere URL zum Volltext: http://doi.org/10.1186/s12859-017-1689-6, https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1689-6


Zusammenfassung

Background Large enzyme families may contain functionally diverse members that give rise to clusters in a sequence similarity network (SSN). In prokaryotes, the genome neighborhood of a gene-product is indicative of its function and thus, a genome neighborhood network (GNN) deduced for an SSN provides strong clues to the specific function of enzymes constituting the different clusters. The Enzyme ...

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Dokumentenart:Artikel
Datum:25 Mai 2017
Institutionen:Biologie und Vorklinische Medizin > Institut für Biophysik und physikalische Biochemie > Prof. Dr. Rainer Merkl
Projekte:Open Access Publizieren (DFG)
Identifikationsnummer:
WertTyp
10.1186/s12859-017-1689-6DOI
Stichwörter / Keywords:Sequence similarity network, SSN, Genome neighborhood network, GNN, Genome content, Enzyme function, Homology-free annotation
Dewey-Dezimal-Klassifikation:500 Naturwissenschaften und Mathematik > 570 Biowissenschaften, Biologie
Status:Veröffentlicht
Begutachtet:Ja, diese Version wurde begutachtet
An der Universität Regensburg entstanden:Ja
Eingebracht am:30 Jan 2018 09:01
Zuletzt geändert:21 Jun 2018 08:36
Dokumenten-ID:36657
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