Reliability of species detection in 16S microbiome analysis: Comparison of five widely used pipelines and recommendations for a more standardized approach

URN zum Zitieren dieses Dokuments:: urn:nbn:de:bvb:355-epub-550123
DOI zum Zitieren dieses Dokuments:: 10.5283/epub.55012

Yin, Yanbin ; Hiergeist, Andreas

; Ruelle, Jean ; Emler, Stefan ; Gessner, André

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Veröffentlichungsdatum dieses Volltextes: 16 Nov 2023 13:42

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The use of NGS-based testing of the bacterial microbiota is often impeded by inconsistent or non-reproducible results, especially when applying different analysis pipelines and reference databases. We investigated five frequently used software packages by submitting the same monobacterial datasets to them, representing the V1-2 and the V3-4 regions of the 16S-rRNA gene of 26 well characterized ...

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