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nucMACC: An MNase-seq pipeline to identify structurally altered nucleosomes in the genome

URN zum Zitieren dieses Dokuments:
urn:nbn:de:bvb:355-epub-586702
DOI zum Zitieren dieses Dokuments:
10.5283/epub.58670
Wernig-Zorc, Sara ; Kugler, Fabian ; Schmutterer, Leo ; Räß, Patrick ; Hausmann, Clemens ; Holzinger, Simon ; Längst, Gernot ; Schwartz, Uwe
[img]Lizenz: Creative Commons Namensnennung 4.0 International
PDF - Veröffentlichte Version
(1MB)
Veröffentlichungsdatum dieses Volltextes: 30 Jul 2024 09:05



Zusammenfassung

Micrococcal nuclease sequencing is the state-of-the-art method for determining chromatin structure and nucleosome positioning. Data analysis is complex due to the AT-dependent sequence bias of the endonuclease and the requirement for high sequencing depth. Here, we present the nucleosome-based MNase accessibility (nucMACC) pipeline unveiling the regulatory chromatin landscape by measuring ...

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