Geschlechtsunterschiede in Mathematik können mittels alternativer Messmodelle analysiert werden. Im Standardmodell der empirischen Bildungsforschung wird angenommen, dass die Leistung bei Mathematikaufgaben nur von einer mathematischen Kompetenz und nicht von der Intelligenz der Schülerinnen und Schüler funktional abhängig ist. Das Nested-Faktormodell hingegen basiert auf zentralen theoretischen Annahmen der Intelligenzforschung und geht davon aus, dass die Leistung bei Mathematikaufgaben auch von Intelligenz abhängt. Üblicherweise ergeben sich bei Verwendung des Standardmodells geringe Geschlechtsunterschiede zu Gunsten der Jungen. Im vorliegenden Artikel zeigen wir auf Grundlage der Daten von Jugendlichen in der 9. Klasse (N=29.171), die an der deutschen PISA-2000 Studie teilnahmen, dass mit einer Modellierung mathematischer Kompetenz mittels des Nested-Faktormodells deutlich größere Geschlechtsunterschiede zu Gunsten der Jungen resultieren. Wir diskutieren diese Befunde hinsichtlich einer Neubewertung von Geschlechtsunterschieden in Mathematik.