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Adjusting microbiome profiles for differences in microbial load by spike-in bacteria

Stämmler, Frank, Glasner, J., Hiergeist, Andreas , Holler, Ernst, Weber, Daniela, Oefner, Peter J. , Gessner, Andre und Spang, Rainer (2016) Adjusting microbiome profiles for differences in microbial load by spike-in bacteria. Microbiome 4 (1), S. 28.

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Veröffentlichungsdatum dieses Volltextes: 20 Feb 2017 12:56

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Zusammenfassung

Background Next-generation 16S ribosomal RNA gene sequencing is widely used to determine the relative composition of the mammalian gut microbiomes. However, in the absence of a reference, this does not reveal alterations in absolute abundance of specific operational taxonomic units if microbial loads vary across specimens. Results Here we suggest the spiking of exogenous bacteria into crude ...

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Dokumentenart:Artikel
Datum:21 Juni 2016
Institutionen:Medizin > Institut für Funktionelle Genomik > Lehrstuhl für Funktionelle Genomik (Prof. Oefner)
Medizin > Lehrstuhl für Innere Medizin III (Hämatologie und Internistische Onkologie)
Medizin > Lehrstuhl für Medizinische Mikrobiologie und Hygiene
Medizin > Institut für Funktionelle Genomik > Lehrstuhl für Statistische Bioinformatik (Prof. Spang)
Identifikationsnummer:
WertTyp
27329048PubMed-ID
10.1186/s40168-016-0175-0DOI
Stichwörter / Keywords:Microbial load, Spike-in bacteria, 16S rRNA gene sequencing, Standardization, Microbiome profiling, Bacterial communities, Community analysis
Dewey-Dezimal-Klassifikation:600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften > 610 Medizin
Status:Veröffentlicht
Begutachtet:Ja, diese Version wurde begutachtet
An der Universität Regensburg entstanden:Ja
Dokumenten-ID:35248
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